В ходе избирательной кампании во 2‐ю Государственную думу Водовозов призывал оппозицию, от кадетов до социал-демократов, к заключению предвыборного соглашения, считая, что задача трудовиков – «главным образом объединительная» и они добровольно взяли на себя роль «свата»³⁹. Тем не менее на предвыборном собрании 22 января 1907 г. в Тенишевском училище Водовозов пенял кадетам, что они «ведут уже какие-то таинственные переговоры с правительством», а их лидер П. Н. Милюков был принят П. А. Столыпиным. «Я не порицаю самого факта хождения к Столыпину, – замечал Водовозов, – но плохо то, что кадеты все это делают в тиши, за спиной избирателей, и что г. Милюков хранит в глубокой тайне результаты своего визита». Говорят, заявил Водовозов, что между правительством и Милюковым уже имеется «какая-то сделка», после чего, как сообщала кадетская газета «Речь», в зале «поднимается неистовый шум и звучат крики: “Довольно!” Председатель просит публику успокоиться, и оратор продолжает: “Кадеты боятся народа, они избегают поэтому всяких призывов к самодеятельности народной”. Снова протесты и крики: “Довольно, долой!”»⁴⁰ Милюкову пришлось сознаться, что он действительно посетил Столыпина «по вопросу о легализации партии», хотя из разговора выяснилось, что условием для этого «ставятся некоторые шаги, не вытекающие из нормального порядка ведения дела о регистрации и для партии неприемлемые»⁴¹. Впрочем, признание Милюкова не удовлетворило Водовозова, который, ратуя за формирование «левого блока», в своих речах и статьях по-прежнему страстно «громил кадетов, кадетскую тактику, кадетскую программу»⁴².

В Думе трудовики опять заняли второе, после кадетов, место по количеству депутатов, но деятельность ее продолжалась всего чуть более трех месяцев, с 20 февраля по 3 июня 1907 г. «Речь» пренебрежительно характеризовала Трудовую группу «фатальным пустым местом» и «вывеской при своей собственной парламентской фракции», «крепкой только задним умом», которая, занимаясь демагогией и рекламируя себя, кормит «неисполнимыми обещаниями» крестьян⁴³. Водовозов, по мнению кадетов, являлся одним из лидеров Трудовой группы, которые, претендуя «руководить этим несчастным, бородатым, тяжелым на подъем крестьянским миром», сознательно, для «туманного будущего», жертвуют настоящим «огромного класса русского населения», рекомендуя «размахивать картонным мечом в надежде, что кто-нибудь примет его за настоящий»⁴⁴. Водовозов не мог удержаться от ответа и, отвергая совет преобразовать Трудовую группу в крестьянскую партию, утверждал, что «исторический момент требует совместных действий крестьянства, рабочего класса, интеллигенции, городской ремесленной буржуазии, – объединения, а не разъединения». Если кадеты, запальчиво доказывал он, выступают за реформирование государства «путем сделок, соглашений, уступок и полу-уступок направо и налево (главным образом направо)» и считают, что нужно пользоваться правом голоса в Думе не для выставления своих требований, а с целью «охранять» его, совершенно похоронив себя как «партию оппозиции», то трудовики, напротив, убеждены, что «путешествия в министерские прихожие в прямом и переносном смысле являются приемами борьбы совершенно дискредитированными», а разрешение земельного и других наболевших вопросов, помимо думской работы, возможно только за счет поддержки и организации широких слоев народных масс. «Могу уверить “Речь”, – подчеркивал Водовозов, – что я никогда не брал на себя задачи быть лидером или руководителем крестьянства или хотя бы крестьянских депутатов; я выступал в думской Трудовой группе почти исключительно тогда, когда меня просили высказаться по какому-нибудь вопросу в пределах моих специальных знаний; меня скорее можно назвать юрисконсультом Трудовой группы, чем ее лидером»⁴⁵.

После запрещения «Нашей газеты» в августе 1906 г. Водовозов заведовал иностранным отделом и состоял членом редакций заменивших ее газет – «Товарищ» (август 1906 г. – декабрь 1907 г.), «Столичная почта» (октябрь 1906 г. – март 1908 г.), «Наш век» (январь 1908 г.), «Наша газета» (март 1908 г., январь – апрель 1909 г.), «Правда жизни» (декабрь 1908 г. – апрель 1909 г.), участвуя и в других периодических изданиях. Кускова, с которой Водовозов был связан многолетним товариществом – не только по работе в демократической прессе, но и политическими пристрастиями, считала, что настоящим его призванием являлись «познание и претворение точных научных данных в популярную газетную, журнальную статью или брошюру, доступную массовому читателю». Водовозов «был ценнейшим сотрудником всякого литературного предприятия именно потому, что его энциклопедизм всегда сочетался с добросовестностью, почти скрупулезным отношением к объективной постановке проблемы или фактов. Заскакивать вперед, оперировать “интуицией” вместо анализа или же кормить читателя отсебятиной вместо сообщения ему точных данных по данному предмету он не любил. В редакции мы шутя называли его “энциклопедическим словарем”, а в энциклопедических словарях он был незаменимым работником именно в силу этого пристрастия к точному и четкому знанию»⁴⁶. Другой коллега, А. М. Хирьяков, отмечал, что, хотя Водовозов не посвятил себя преподавательской деятельности, наследственность сказывалась в его стремлении выражать свои мысли «в наиболее ясных, точных и удобовоспринимаемых формах», и даже самый склад речи был характерно педагогическим: «Он отчеканивал фразу за фразой, как бы стараясь вдолбить в головы слушателей с наибольшей прочностью те воззрения, которые считал правильными. Как сейчас вижу его с характерным потряхиванием головы и укоризненно повторяющим: “глаза, господа, даны человеку для того, чтобы видеть, а не для того, чтобы только моргать, а уши даны, чтобы слушать, а не хлопать ими”»⁴⁷.

В конце 1904 г. Водовозов стал одним из инициаторов проведения совещания представителей периодических изданий, на котором обсуждалась идея созыва I Всероссийского съезда русской печати. Состоялся он только в июне 1908 г. и, помимо решения профессиональных задач, обсудил, как отметить 80-летие Л. Н. Толстого. Водовозов, избранный одним из секретарей «комитета съезда повременной печати», нес большую часть его практической работы: от составления и рассылки «циркуляров», приглашавших зарубежных деятелей присылать статьи для «толстовского» сборника, а редакции – их номера, посвященные юбилею, до чтения лекций⁴⁸. «Первая революция, давшая на время русскому обществу некоторую свободу, – писал Водовозов, – дала возможность мне выступать в качестве публичного лектора по разным вопросам политики, государственного права и истории литературы, в частности я особенно охотно читал публичные лекции о Пушкине. В течение 1905–07 гг. я прочитал бесчисленное множество таких лекций в различных городах Российской империи. По большей части эти лекции оканчивались благополучно, но иногда прерывались полицией и вызывали составление протокола. С 1907 г. лекции почти систематически запрещались и только с 1911 г. вновь изредка разрешались»⁴⁹.

Во время избирательной кампании в 3‐ю Государственную думу Водовозов намечался петербургским кандидатом Трудовой группы, но ввиду опасений, что он не будет допущен к выборам, совещание народных социалистов и трудовиков решило снять его кандидатуру⁵⁰. В новую Думу, открывшуюся в ноябре 1907 г., вследствие ужесточения избирательного законодательства трудовики смогли провести лишь 14 депутатов: численность фракции сократилась более чем в шесть раз. «Начался для нас период бледный и вялый, – сетовал Водовозов. – Мы были слабы в Думе, у нас не было крупных талантов, и большого влияния на Государственную думу мы не могли иметь»⁵¹. В мае 1909 г. Водовозов сделал попытку уйти на педагогическую работу, подав прошение попечителю Кавказского учебного округа об утверждении «в звании преподавателя» с программой лекций по курсам «новой истории и русской истории до Петра Великого», которые он намеревался читать на Высших женских курсах в Тифлисе⁵². Получив, видимо, отказ из‐за политической «неблагонадежности», Водовозов снова уехал за границу – в Константинополь, где в результате младотурецкой революции был низложен султан Абдул-Хамид II и введена конституция, о чем писал для газеты «Русское слово»⁵³, и его статьи в «Турецком сборнике»⁵⁴ оценивались как «наиболее содержательные»⁵⁵.

Вернувшись в Петербург, где в связи с довыборами в Государственную думу шли избирательные собрания, Водовозов по обыкновению резко нападал на кадетов, упрекая Милюкова, ездившего в составе парламентской делегации в Лондон, за его заявление, что в России есть «конституция и ограниченная монархия»⁵⁶. Хотя в пылу агитационной полемики Водовозов отзывался о лидере кадетов весьма нелицеприятно, он признавался, что если бы кто-нибудь взялся за «большую характеристику Милюкова как человека и общественного деятеля», наполнив ее одними насмешками над его лондонской речью и переговорами о министерском портфеле, то «решительно восстал бы против и сказал: “Здесь не весь Милюков”»⁵⁷.

Принятый в октябре 1907 г. в С.-Петербургское литературное общество, Водовозов вошел в состав оргкомитета по устройству 2‐го Всероссийского съезда писателей⁵⁸, на котором 23 апреля 1910 г. представил проект устава писательской организации и сделал доклад об авторском праве, доказывая, что право на перевод должно быть «свободным»⁵⁹. Одно из следующих заседаний съезда, 26 апреля, ознаменовалось скандалом: депутат 1‐й Государственной думы, доктор агрономии Т. В. Локоть, издававший юдофобский еженедельник «Киев», выступил с докладом «О национализме и периодической печати», в котором, демонстрируя «таблицу, показывающую в процентном отношении, какая из национальностей занимается более выгодными профессиями», уверял, что «поляки и особенно евреи стремятся захватить мир». Водовозов и другие ораторы резко возражали, а когда докладчик вновь занял кафедру для заключительного слова, большая часть съезда покинула зал в знак протеста, вызвав реплику Локотя, что ушли, мол, как и следовало ожидать, евреи⁶⁰. «Я не уходил, – обращался Водовозов в «открытом» письме к вчерашнему соратнику (Локоть вышел из Трудовой группы в апреле 1909 г.), – так как мне было интересно узнать, что вы можете возразить оппонентам и в том числе мне, но, возмущенный недопустимым, чисто нововременским приемом зачисления всех своих противников в ряды нелюбимой вами народности, я крикнул вам: “Вы лжете! Я – русский, и я ухожу!” За мной ушла почти вся аудитория…» Водовозов, избранный 28 апреля в президиум оргкомитета Всероссийского литературного общества, одним из его секретарей и членом «суда чести»⁶¹, считая, что Локоть обязан «договорить до конца», предложил ему публичный диспут⁶². Вызов был принят, но во избежание «возбуждения национальной вражды» киевский губернатор запретил «словесную дуэль», и, хотя ее перенесли в столицу, назначив на октябрь, большинство С.-Петербургского литературного общества посчитало, что его трибуна не место для антисемитских речей⁶³. Водовозов был раздосадован таким «актом нетерпимости»⁶⁴, тем более что являлся членом совета и, с 3 мая 1910 г., секретарем общества, оставаясь в этой должности до закрытия его 1 июля 1911 г. за «суждения, имевшие своим предметом критику распоряжений правительства»⁶⁵.