Поступив в 1893 году во Вторую Тифлисскую гимназию, Флоренский выстроил индивидуальный план обучения. Школьные занятия в первые годы его привлекали мало, казались рутинными, скучными, бесполезными. Многое из того, о чём говорилось, было для него либо очевидным, либо второстепенным. Ценил Флоренский только преподавание классических языков. Планируя свой день, он обводил гимназические занятия траурной каймой. Всегда старался как можно скорее выполнить домашнее задание, чтобы освободить побольше времени для намеченных исследований.

Флоренский учился у природы. Познать её было для него главной задачей. Наблюдение за флорой и фауной, собирание коллекции камней, размышление над электричеством как особым видом энергии – всё ради того, чтобы постигать глубинные законы природы. Но пытливое сознание юного исследователя, знакомясь с новым законом, обнаруживая его описание и трактовку в научных трудах, всё время наталкивалось на чьё-либо заблуждение. Казалось, что признанные учёные мужи упустили что-то самое важное. Формулы, принципы, аксиомы – во всём Флоренский видел слабые звенья. В каждом общепринятом законе жила возможность его опровержения, а значит, возможность прикоснуться к тайне.

Но закон природы, как и всякий закон, суров, и его усвоение необходимо. Это давалось Флоренскому легко. Свою расположенность к науке он объяснял двумя моментами. Во-первых, наследственной склонностью к научному мышлению. По разным ветвям рода предки Флоренского внесли определённый вклад в различные исследования. Эта интеллектуальная энергия, названная Флоренским «родовой плазмой», передалась ему, сконцентрировалась в нём. Всякий раз, когда сознанию открывался очередной научный факт, Флоренскому представлялось, что в нём пробуждается коллективная память, коллективное сознание дедов и прадедов. Казалось, что знание приходит уже осмысленным, и это сберегает силы и время для новых открытий. Во-вторых, сказывались воспитание и «уединённый склад домашней жизни». В семье был культ просвещения, культ знания, а постоянное житейское благоденствие, размеренность и покой располагали к созерцанию и размышлению.

Из каждого события он пытался извлечь научное знание. Так, например, новыми открытиями была полна поездка Флоренского с тётушками и двоюродным братом в Германию в 1897 году. Удалось посетить Дрезден, Лейпциг, Бонн, Кёльн. Особый восторг Павла вызвали магазин физических приборов в Дрездене и музей автоматических устройств в Кёльне. Флоренский воспринял всё увиденное как тайнодействие, как разгаданные человеческим разумом загадки природы. Но и за границей в сознание Флоренского вторгается нечто большее, чем физика и механика, – величественный Кёльнский собор. В письмах родителям он восхищается его архитектурой и витражами, но то был не только восторг от внешнего облика: явила себя «сказка».

Подростком он уже публиковал статьи по физике и астрономии в авторитетных научных изданиях. Казалось, был взят очень мощный старт и предстоит набирать и набирать обороты, копить и систематизировать сведения, приходить к новым выводам. Но ощущение познавательного тупика нарастало во Флоренском всё сильнее. Физика виделась ему способной лишь репродуцировать уже имеющиеся сведения, производить подсчёты, наблюдать за давно обнаруженным. Возникла разобщённость научности и человечности. Воцарилась теория ради теории. Из науки ушла жизнь, исчезло главенство жизненного опыта. Флоренский же стремился к натурфилософии, к тому, что впоследствии, определяя свою научную систему, он назовёт «конкретной метафизикой», при которой «отдельные формулировки не могут обособляться от конкретного материала».

Сухой рационализм, царивший в науке в конце XIX века, стал для Флоренского бессмысленным. Ты идёшь этим рациональным путём, а истина ускользает. Все здания на этом пути, что строились столько столетий, что так долго представлялись прочными, оказались картонными, рухнули от одного прикосновения жизни, и истина поселилась в каких-то иных сферах.

1899-й – год особенно мучительных исканий Флоренского. Юноша пытается обрести новые смыслы и цели в путешествиях с отцом по Кавказу, с гимназическими друзьями переходит Кавказский хребет, представляет себе горные вершины как вершины интеллектуальные, покорив которые, надеется обрести новую систему координат мышления. Но главное происходит дома, между этими путешествиями. То, что невозможно объяснить рационально, то, для чего не хватает ни слов, ни категорий, ни идей. Потрясения, видения, откровения…

Майская ночь в опустевшем доме. Все уехали. Ни звука, ни шороха. Сон приходит, как обморок. Без сновидений. Глубокий, как бездонная пропасть. Из неё не выбраться. Сон – тьма египетская. Сон горняка, заваленного в шахте – ни движения, ни вздоха. И абсолютное одиночество, полная покинутость. Понимание, что никто не придёт на помощь. Те, на кого уповал всю жизнь, теперь далеко, не знают о твоей беде, не чувствуют, что ты погибаешь. И вдруг в этой тьме, среди немоты тончайшим лучом, еле слышным звуком возникает имя, возникает слово. Слово было БОГ. Так явственно, отчётливо и ёмко. Спасительный свет во тьме! И нужно ухватиться за него, как за луковку. Рывок из тьмы! Пробуждаешься, словно выбираешься из-под толщи воды. Жадно хватаешь наяву драгоценный воздух. И сквозь резкие, сбивчивые вдохи прорывается твой безотчетный выкрик: «Нет! Нельзя жить без Бога!» И тьма расточилась.

Спустя несколько недель ещё одна ночь потрясения – летняя, знойная. Внезапное пробуждение, как от удара электричеством, но нефизическим, нездешним, неотмирным. Неведомая сила влечёт из дома. Необъяснимо, неудержимо. Через все преграды, через перила, ступени. Скорее! Скорее в сад! Там душно цветёт акация. Там в самом зените диск луны. Изливает на тебя серебряный свет. Кажется, луна вот-вот сорвётся вниз, упадёт на тебя всей тяжестью. А кругом такая знакомая тишина, словно из прежнего видения. Ничего не происходит, но вернуться назад не можешь. Ждёшь того, ради чего так спешил сюда. Ждёшь встречи с той силой, что пробудила. И вот – «Павел! Павел!» Не слева, не справа, не из-за спины, а откуда-то оттуда, где светит серебряный диск. Голос не мужской, не женский, не детский. На земле нет таких голосов. В этом обращении по имени не оклик, не мольба, а призыв. Именно призыв. Но куда? Зачем? «Павел! Павел!»

И вот уже осень. Флоренский с записной книжкой на склоне горы у Куры. Нужно поразмышлять над новой научной идеей, найти доказательства, выстроить причины и следствия. Вот вроде бы довод найден, но неожиданно внутренний голос говорит: «Это вздор!» Новый довод – и опять: «Это вздор! Это никому не нужно!» И на все размышления, на все вопросы и ответы – вздор! вздор! вздор! Научное мышление рассыпалось в труху, всё окончательно утратило связи, последовательность и логику. Все прежние наблюдения, опыты, измышления молодого ума в одночасье оказались мертвы, пусты, бесплодны.

Эти три эпизода поставят перед Флоренским евангельский вопрос: «что есть Истина?» Возникнет томительное пребывание в подвешенном состоянии между знанием имеющимся, но ненужным, и знанием необходимым, но ещё не обретённым. В разуме и в сердце поселятся противоречивые: «истина недоступна» и «невозможно жить без истины». Предстояло отыскать истину, обрести «столп и утверждение истины».

Своим поискам, метаниям, своему «томлению духа» Флоренский захочет найти созвучия в мировой культуре. И в разной степени услышит эти созвучия в «Экклезиасте», в буддийских сочинениях, у Канта, Шопенгауэра, но более всего – у Льва Толстого.

На философских тропах у Флоренского в эту пору был хороший проводник – гимназический учитель истории Григорий Николаевич Гехтман. Во Второй Тифлисской гимназии он появился, когда Флоренский и его однокашники учились уже в седьмом классе. Увлечённый, обаятельный педагог-энциклопедист влюбил в себя гимназистов. Он умел пробудить самостоятельную мысль и жажду исследования, наполнить всякую идею обильным содержанием, сам брался за каждое новое дело с лёгкостью, вдохновением и азартом. Гехтман прививал интерес к педагогике, применяя в гимназии своеобразную белл-ланкастерскую систему, когда старшие ученики помогают в обучении младшим. Однокашники Флоренского будут поддерживать связь с Гехтманом долгие годы, во многом благодаря ему станут известными юристами, инженерами, промышленниками, археологами, художниками, философами, общественными деятелями. Михаил Асатиани – психолог и психиатр, основатель Научно-исследовательского института психиатрии Грузии. Он породнился с Флоренским, став мужем его сестры Юлии. Анатолий (в монашестве – Арсений) Соколовский – епископ Прикаспийский и Бакинский, а затем епископ Оренбургский. Религиозные философы Владимир Эрн и Александр Ельчанинов – лучшие друзья Флоренского, общение с которыми продолжится и в годы студенчества. Также в эту пору в гимназии учились ставшие впоследствии революционерами Лев Розенфельд (Каменев) и Ираклий Церетели.

Многих из них, разных по национальности и вероисповеданию – русских, армян, грузин, татар, поляков, евреев, немцев, шведов, французов; православных, григориан, католиков, протестантов, иудеев, мусульман – Гехтман сумел сплотить в одну семью, породнить изучением гуманитарных наук. Именно он заронил во Флоренском философское зерно, что помогло спустя время выйти из тупика естественных и точных дисциплин. Выпускнику гимназии, золотому медалисту Флоренскому Гехтман дал для поступления в университет положительную характеристику, где проницательно указал на его «философский склад ума», умение глубоко проникать в научные вопросы и где прозрел в нём «честного идеалиста» и «нравственного общественного деятеля».

Историко-философский гимназический кружок, которым руководил Гехтман, жил лучшими традициями школьного и университетского кружковства. По своей объединительной силе он был сравним с пушкинским лицейским братством. На заседаниях кружка в горячих спорах обсуждались научные работы, публицистические статьи и художественные произведения. Кружковцы готовили доклады по религиозным, этическим и искусствоведческим вопросам.

Один из докладов Флоренского назывался «Воззрения Толстого на науку». Готовясь к нему, он подробно конспектировал работы «Царствие Божие внутри вас», «В чём моя вера?» и ключевую для ищущего сознания юного гимназиста «Исповедь». Духовной цензурой она была запрещена к публикации, текст её вырезали из уже изданного номера журнала «Русская мысль», но сочинение активно распространялось в рукописях, изначально сделанных с корректурных оттисков. Читали трактат и кружковцы Гехтмана.

Эмоционально «Исповедь» оказалась очень близка Флоренскому. Совпав с Толстым в ощущении бренности жизни и бесплодности научного знания, Флоренский осознал «надёжность своей безнадёжности». Но при этом казалось, что Толстой умирал физически: оттого что «иссякли источники жизни». Умирание же самого Флоренского было интеллектуальным, происходило от потери истины, смысла, ибо «истина есть сама жизнь, а жизнь есть сама истина».

Очарование Флоренского Толстым во многом объяснимо финалом «Исповеди», где автор описывает свой сон. В нём Толстой держится на хлипких помочах над бездной, но в самый безнадёжный момент поднимает глаза и видит над собой тоже бесконечную бездну, но уже спасительную. «Смотри же, запомни! Это оно!» – слышит Толстой и обретает точку опоры, обретает покой.

Как это похоже на тот сон Флоренского майской ночью, когда он выбрался из удушающей тьмы! Он не был тогда знаком с сочинением Толстого и не мог пережить своё волнение под впечатлением от прочитанного. Флоренский восклицает «нельзя жить без Бога!», а Толстой на протяжении всей «Исповеди» повторяет «без веры жить нельзя!». Такое промыслительное сближение с писателем сделает Флоренского убежденным приверженцем толстовства, причём не только в философских, но и в социальных моментах. Флоренский примет толстовское деление общества на «паразитов жизни», пребывающих в условиях «избытка» (учёные, писатели и прочие интеллектуалы) и на «простой трудовой народ» – смиренный, терпеливый, милостивый, живущий по воле Божьей. Первые, по Толстому, существуют исключительно за счёт вторых.