Тем не менее филологические, философские и теологические труды Влахоса по-прежнему остаются в основном неизведанной территорией. В частности, историки уделяли весьма скудное внимание содержанию и источникам его учебников и трактатов по философским и теологическим вопросам, предпочитая описывать Влахоса самыми общими словами как представителя аристотелизма¹³⁵. Такой ярлык мало что дает для понимания мысли греческого мудреца, поскольку он затушевывает существование множества различных видов аристотелизма в постренессансной Италии, как и в греческом мире XVII века. Влахос много читал и собрал огромную и разнородную библиотеку¹³⁶. Сочиняя свои трактаты по риторике и логике, он находился под особенно сильным влиянием соответствующих трудов современных ему авторов-иезуитов. Учитывая ту степень, в какой Влахос пользовался собственными учебниками при преподавании этих предметов, представляется, что образование, которое Влахос давал своим ученикам, основывалось на учебной программе иезуитских коллегий, как она сложилась к середине XVII века. Критский мыслитель, будучи пылким защитником православия, без стеснения заимствовал у иезуитов то, что казалось ему полезным и удачным педагогическим материалом. Как будет показано ниже, учебники и наставничество Влахоса сыграли ключевую роль в интеллектуальном формировании Лихудов, а также в выборе ими предметов для учебного плана в Славяно-греко-латинской академии.

Хотя имеющаяся информация дает возможность обрисовать круг ученых интересов Влахоса, мы мало что знаем о его племяннике и верном спутнике Арсении Кал(л)удисе. За исключением нескольких эпиграмм и очень популярного описания Святой земли под названием Proskynetarion, он, судя по всему, больше не оставил никакого письменного наследия. Кал(л)удис тоже обучался философии в Падуанском университете в 1662, 1664 и 1665–1671 годах, где он числился как magister Collegii Cottunii (преподаватель Коттунианской коллегии)¹³⁷. Вероятно, его дядя внес большой вклад в образование Арсения, подготовив его к занятию ответственной должности директора одного из важнейших греческих учебных заведений в Италии – Коттунианской коллегии. Эта коллегия была основана в Падуе Иоанном Коттунием, учеником Чезаре Кремонини (1550–1631), знаменитого неоаристотелианца из Падуанского университета, и названа в честь ее создателя¹³⁸. Коттуний унаследовал от Кремонини должность профессора философии в этом университете, но, судя по всему, порвал с натуралистической интерпретацией Аристотеля, предлагавшейся его учителем, отдавая предпочтение более традиционному, схоластическому подходу к трудам Аристотеля, практически не изученному до сих пор. Будучи видным членом греческих общин в Падуе и в Венеции, Коттуний был очень заинтересован в просвещении своих соотечественников и сам сделал многое для этого. Самым важным его достижением стало основание в 1653 году школы-интерната в Падуе для бедных учащихся – выходцев с греческого Востока: это начинание шло в русле давней венецианской политики, направленной на то, чтобы подданные республики получали образование только на подвластных ей территориях; таким образом в различных владениях Венеции в восточном Средиземноморье формировалась лояльная ей греческая элита. Фонд Коттуния выделял средства на жилье и пропитание, а также на обучение гуманитарным наукам и другим дисциплинам. Таким образом, Коттунианская коллегия играла роль и средней школы с преподаванием предметов высшей школы, и трамплина для одаренных учеников, стремящихся к университетскому образованию. Первым директором коллегии в 1660–1672 годах, то есть именно в то время, когда там учились Иоанникий и Софроний, был Арсений Кал(л)удис¹³⁹.

После Влахоса опыт обучения в Коттунианской коллегии был вторым по значению – на этот раз институциональным – фактором, повлиявшим на интеллектуальное становление Иоанникия и Софрония. Согласно свидетельствам, учебная программа коллегии включала гуманитарные дисциплины, а также медицину, логику, натуральную философию и схоластическую теологию¹⁴⁰. И учебная программа, и институциональные параметры коллегии имели значение как для образования Лихудов, так и для их последующих просветительских начинаний в России. Коттунианская коллегия была недвусмысленно организована по образцу Коллегии Св. Афанасия (Collegio Greco) в Риме, являвшейся главным папским центром для просвещения греков и насаждения среди них догматики католической церкви¹⁴¹. В известной степени Коттунианская коллегия была основана как конкурент Collegio Greco в борьбе за лояльность возможных греческих учеников —граждан Венеции¹⁴². Соответственно, учебный процесс в коллегии и ее организационные рамки представляли собой копию иезуитских учебных заведений. Коттуний и венецианские власти решили бороться с иезуитской пропагандой, взяв на вооружение ту же самую учебную программу, которую предлагали их оппоненты. Создавая свою собственную школу в Москве, Лихуды впоследствии воспроизвели институциональные контуры той школы, в которой учились они сами¹⁴³.

Софроний, учившийся у Влахоса и Кал(л)удиса, также получил докторскую степень по ятрофилософии в Падуанском университете. Падуя имела давнюю историю новаторских и, в некоторых случаях, радикальных подходов к аристотелизму, начало которой восходит к XV веку. Университет, в котором подготовку к получению докторской степени венчали изучение права и в особенности медицины, пользовался немалыми свободами и процветал, тем более что венецианские власти стремились пресечь вмешательство папы в дела республики. В конце XVI – начале XVII века он стал пристанищем для ученых, преподававших учение Аристотеля без оглядки на ограничения, которые накладывала теология. В учебном курсе университета основное внимание уделялось сочинениям Аристотеля по физике и методологии науки, а не его метафизике. В итоге здесь преподавали куда более натуралистическую физику (конечно, качественную, в духе Аристотеля), чем в других учебных заведениях, причем этот подход сочетался с серьезным вниманием к методологическим проблемам при изучении мира природы. К тому моменту, когда в университет поступил Софроний, такого рода аристотелизм уже стал подвергаться нападкам со стороны картезианцев и экспериментальной науки. Более того, он сдавал позиции уже в самом Падуанском университете. Трудно сказать, в какой степени падуанская физическая школа (какими бы ни были ее контуры к середине XVII века, когда в штате университета состояли Коттуний и другие) оказала влияние на Софрония. Впрочем, показательно, что, когда Софронию пришлось выбирать учебники по физике для московских студентов, он отдал предпочтение тому из них, «автором» которого значился его брат Иоанникий, насквозь проникшийся томистским прочтением Аристотеля, характерным для иезуитских мыслителей. Именно аристотелизм иезуитских школ диктовал философскую ориентацию учебной программы Славяно-греко-латинской академии¹⁴⁴.

О последующем периоде в жизни братьев, с 1670 по 1683 год, существующие источники дают лишь отрывочные сведения. Как утверждали сами Иоанникий и Софроний, они преподавали и занимали административные должности на Кефалинии, в то время как Софроний также недолгое время преподавал в Арте, но в источниках почти не содержится подробностей на этот счет. В 1670‐е годы Иоанникий (под именем Иоанн, еще до принятия монашеского обета) служил священником в церкви Св. Спиридона в Ликсури и одновременно учителем в школе, преподавая греческий и латынь¹⁴⁵. Илиас Цицелис ставит под сомнение правдивость их заявлений о преподавании и исполнении административных функций, поскольку в независимых источниках не содержится подтверждений ни тому, что Софроний был инспектором школ на острове, ни тому, что Иоанникий являлся представителем александрийского патриарха Парфения I на Кефалинии¹⁴⁶. Вполне возможно, что братья, будучи гражданами Венецианской республики, исполняли какие-то административные обязанности, особенно связанные с юридическими делами¹⁴⁷. То, что Софроний после 1679 года недолгое время преподавал в школе в Арте, выглядит более правдоподобным, но его пребывание там оказалось недолгим из‐за эпидемии чумы¹⁴⁸. К 1680 году братья Лихуды вновь оказались на Кефалинии. В показании, поданном в Посольский приказ по прибытии в Москву, они сообщали, что на Кефалинии проживали в монастыре Панагия-Иерия. Это был довольно богатый монастырь (о чем свидетельствуют налоговые ведомости того времени), и с ним братья были связаны особенно тесно. В письме 1709 года, адресованном священнику Евстафию Ликудису, Иоанникий и Софроний завещали монастырю землю, унаследованную ими после смерти сестры, а также давали подробные указания о том, что сделать с церковью снаружи и внутри¹⁴⁹. Вскоре после 1680 года братья, судя по всему, странствовали по Фессалии и Македонии, проповедуя и занимаясь преподаванием. Наконец, в 1683 году они прибыли на венецианском корабле в Константинополь. Именно там, по их словам, они получили приглашение отправиться учителями в Россию.

Обстоятельства получения ими этого приглашения – один из вопросов, вызывающих больше всего споров среди исследователей. Сменцовский и Каптерев, в частности, приложили значительные усилия, чтобы выявить все возможные факты. Причиной разногласий служат два обстоятельства: первое – неоднозначность сведений, содержащихся в имеющихся источниках; второе – постоянные ссылки обоих историков на теорию о лагерях «грекофилов» и «латинофилов». История с приглашением заслуживает более подробного рассмотрения, поскольку представляет собой пример искажений, вызванных наложением вышеупомянутой дихотомии на источники.

Во-первых, факты со стороны греков указывают на следующее. Тимофей, преподаватель Типографской школы, основанной в Москве в 1681 году (о ней будет речь ниже), уже писал (вероятно, в 1681–1682 годах) своему бывшему учителю, Севастосу Киминитису, который к тому времени завершал свою преподавательскую деятельность в патриаршей школе в Константинополе, и предлагал ему должность в школе в Москве, но Киминитис отказался, объяснив это намерением основать школу в своем родном Трапезунде. Кроме того, он указывал, что был бы готов рассмотреть такое предложение, если бы ученики в Москве в достаточной мере знали новогреческий язык, поскольку сам он не знал русского¹⁵⁰. Очевидно, что уже к 1681 году русские искали кого-нибудь, кто взял бы на себя обязанности преподавателя в Москве, помимо Тимофея. Такое приглашение не могло быть сделано без ведома русских властей, но поступило оно, судя по всему, по частным каналам.

Во-вторых, когда братья Лихуды прибыли в Константинополь, у них вовсе не обязательно уже был готов план отправиться в Москву. В письме Иоанна Кариофиллиса, в то время великого логофета Константинопольского патриархата (мирянина, второго по должности человека при патриархе, ответственного за все официальные контакты с прочими церковными и светскими властями), написанном Киминитису около 1683 года, встречается упоминание Лихудов (не по имени, но ясно, что речь идет о них) в том смысле, что им были предложены должности преподавателей в патриаршей школе, но по причине царившего там хаоса и проблем, создаваемых учениками, Лихуды не пожелали их занять. Кариофиллис называет Лихудов «в должной мере обученными наукам [подлежащим преподаванию]» (eskemenoi metrios mathemasin). Кроме того, он отмечает, что Лихуды дали учащимся показательный урок, но, будучи обеспокоены необузданностью учеников, в конце концов отклонили предложение преподавать в патриаршей школе¹⁵¹.